Казалось бы, что столь успешная карьера предвещала ему надежное и безоблачное будущее, но жизнь сделала вдруг крутой поворот. Страну накрыла вторая волна сталинский репрессий. Без предварительного обсуждения на заседании бюро горкома партии, обкома партии, первичной партийной организации А.А. Аббасов был освобожден с работы, осужден и выслан в лагеря.

Его, инвалида Великой Отечественной войны, пытались сломить волю, пытали и унижали, заставляли согласиться с нелепыми обвинениями. Но он стоял на своём, уверенность в невиновности его поддерживала, не сломила, заставила выдержать эти жестокие испытания. Своё доброе имя он сумел вернуть только в 1959 году, спустя 6 лет. Только 22 апреля 1959 г. Президиум Верховного суда УзССР вынес решение о его реабилитации.

Спустя четыре года Ахтам Аббасович вернулся в Самарканд. Нужно было начинать жить заново. Понимая, что на престижную должность он претендовать не может, А.А. Аббасов в 1956 г. устроился рядовым сотрудником в библиотеку университета. Вскоре он стал старшим библиотекарем, а затем возглавил один из отделов. В это время Ахтам Аббасович, и ранее проявлявший интерес к истории родного города, стал изучать научное наследие Василия Вяткина, известного краеведа, прославившегося обнаружением обсерватории Мирзо Улугбека.

В.Л. Вяткин